蜂蜜的颜色从水白到深琥珀不等，这背后的原因其实不复杂。最直接的因素是蜜源植物。蜜蜂采集不同花蜜，酿出的蜂蜜颜色差异很大。比如洋槐蜜颜色浅淡，几乎透明；而荞麦蜜则偏深褐，甚至发暗。这是因为不同花蜜中含有的色素物质不一样，有的植物花蜜里类黄酮、胡萝卜素含量高，颜色自然就深一些。
另一个关键因素是蜂蜜中的矿物质含量。矿物质多的蜂蜜，颜色往往偏深。像一些来自山区、土壤矿物质丰富的蜜源，酿出的蜜颜色就比平原地区的深。此外，蜂蜜在储存过程中颜色也会慢慢变深，尤其是温度较高或存放时间较长时，蜂蜜里的糖类会发生轻微反应，颜色逐渐加重。
加工方式也有影响。过滤精度高、加热处理多的蜂蜜，颜色通常更浅；而未经深加工的天然成熟蜜，颜色往往更接近原始状态。不过要注意，颜色深浅和蜂蜜品质没有直接关系，浅色蜜不一定就比深色蜜好，深色蜜也不一定营养更高。不同颜色的蜂蜜各有风味，选择时更多看个人口味和用途。
