武夷山九曲溪的鱼类丰富多样，以下是一些常见的种类：
鲤科
光倒刺鲃：又名青棍、坑坚、光眼鱼等，是一种常见的大型淡水鱼类。其身体呈长筒形，吻较圆钝，须 2 对，鳞片较大，侧线明显。体色一般为青灰色，腹部银白色，各鳍为灰黑色。光倒刺鲃喜欢栖息在水流湍急、水质清澈的江河、溪流中，以水生昆虫、软体动物、藻类及有机碎屑等为食，是九曲溪中常见的 “网红鱼”。
九曲溪军鱼
赤眼鳟：又称赤眼鱼、红眼棒等，体长略呈圆筒形，腹圆，头呈圆锥形，吻钝，口呈弧形，眼中大，近吻端，眼上半部具红斑，这也是它得名的原因。鳞大，圆形，体背侧青灰色，腹部银白色，体侧及背部每个鳞片后缘有黑斑，组成体侧的纵列条纹。赤眼鳟是中下层鱼类，食性杂，适应性强。
台湾白甲鱼：体侧扁，略高，头短而宽，吻圆钝，口下位，横裂。背鳍硬刺后缘具锯齿，尾鳍分叉深。体背部青灰色，腹部银白色，各鳍灰黑色。台湾白甲鱼主要以着生藻类、有机碎屑等为食，是中国特有种。武夷山特产网 www.chinawys.com
半刺光唇鱼：体细长，侧扁，头后背部稍隆起。吻钝，口下位，呈马蹄形。唇厚，上唇完整，下唇分左右两瓣。体背侧灰黑色，腹部银白色，体侧有许多不规则的黑斑，各鳍灰黑色。半刺光唇鱼喜栖息于山区溪流中，以藻类、水生昆虫等为食。 武夷山特产网 www.chinawys.com
鲤鱼：体侧扁而背部隆起，口部具两对须，鳞片较大且侧线明显。武夷山流域的鲤鱼因生存环境差异可分为两个主要生态型，一是栖息于九曲溪等主河道的普通鲤鱼，体长多在 25-40 厘米，体色呈青灰带金黄；二是生活在海拔 800 米以上支流的 “高山鲤”，体型较小，体色偏暗且鳞片更厚。
鳅科
中华刺鳅：体细长，前端稍侧扁，肛门以后扁薄。头长而尖，吻稍长，但不及眼后头长，吻端向前伸出成吻突，其长度约等于眼径。口下位，呈马蹄形。背鳍和臀鳍分别与尾鳍相连，胸鳍小，腹鳍消失。体背侧灰褐色，腹部灰黄色，头部及体侧有许多不规则的黑斑，各鳍灰黑色。中华刺鳅喜欢栖息在水流缓慢、水草繁茂的水域中，以水生昆虫、小鱼、小虾等为食。
鲿科
黄颡鱼：体长，腹平，体后部稍侧扁。头大且平扁，吻圆钝，口大，下位，上下颌均具绒毛状细齿。须 4 对，大多数种上颌须特别长。无鳞。背鳍和胸鳍均具发达的硬刺，硬刺尖带有毒性，刺活动时能发声。体呈黄色，背部黑褐色，腹部淡黄色，各鳍灰黑色。黄颡鱼多栖息于缓流多水草的湖周浅水区和入湖河流处，营底栖生活，对环境的适应能力较强，杂食性，主要以水生昆虫、小鱼、小虾等为食。
丽鱼科 武夷山特产网 www.chinawys.com
短须鱊：体侧扁，外形呈长椭圆形。头小，吻短钝。口小，端位，上颌稍长于下颌。无须。背鳍和臀鳍均较长，且背鳍起点位于腹鳍起点之前上方。体背部青灰色，腹部银白色，体侧有许多不规则的黑斑，各鳍灰黑色。短须鱊通常生活在水流缓慢的河流、湖泊、池塘中，以藻类、浮游生物、水生昆虫等为食。
鳗鲡科
花鳗鲡：体形似鳗鲡，吻圆钝，眼小，口大，上颌稍长于下颌。体被细小鳞片，埋于皮下。背鳍、臀鳍和尾鳍相连，胸鳍圆形。体背侧及鳍呈灰褐色，腹部白色，体侧有许多不规则的黑斑。花鳗鲡是一种降河洄游性鱼类，在淡水中生长，成熟后洄游到海洋中产卵。它主要以水生昆虫、甲壳类、鱼类等为食，是国家二级重点保护野生动物。
