灵芝品种繁多，全球已发现的灵芝品种达214种左右。以下是一些常见的灵芝品种：
按颜色分类
赤灵芝 ：又名丹芝，是最常见的灵芝品种之一。其木栓质，有柄，菌盖呈肾形、半圆形或近圆形，表面为红褐色，有漆样光泽，菌柄颜色与菌伞同色或更深。 具有抗肿瘤、预防肿瘤的作用，对心脏机能有益，可提高免疫力，调节高低血压。
紫灵芝 ：又名木芝，菌伞为褐色、紫黑色至近黑色，菌肉均匀褐色至栗褐色。主治耳聋，有益肾脏强气，能强健筋骨、使气色好转。
黑灵芝 ：又名玄芝，皱盖乌芝的菌盖肾形或类圆形，表面灰褐色或褐色，有细微绒毛，并有放射状深皱纹和不明显的环纹，边缘锐，波状，多瓣裂，管口面类白色或黑褐色。有益肾、利尿、通九窍、聪察、消积的作用，可用于治疗急性肾炎、慢性肾炎、消化不良等病症。
青灵芝 ：又名龙芝，与云芝相似，盖面上生有环状排列的蓝色、深蓝色、黄褐色、褐色、白色及黑色等杂色绒毛且有光泽，似羽毛状。主要有明目作用，能补肝益气。
白灵芝 ：又名玉芝，菌肉质白，如马蹄状，生于松树和其他针叶树上。主治咳逆上气，能益肺气、通利口鼻。
黄灵芝 ：又名金芝，新鲜时菌伞肉质多汁，盖面呈橙红色、橙黄色至黄色，干后为黄白色。主治心腹部位疾病，对胰脏引起的脾脏有益，可使心脏的神气安顺。
按产地及形态等分类
热带灵芝 ：主要产于福建的厦门、同安、南安等地，生于林地腐木桩及其周围地上。其形态与赤灵芝有些相似，但在颜色和质地等方面可能存在差异，菌盖通常较薄，颜色相对较浅。
匙状灵芝 ：主要产于云南南部地区的常绿阔叶林地枯木干及伐桩上，也叫背柄紫芝，其菌盖形状类似汤匙，菌柄着生于菌盖的背面，颜色多为紫褐色。
薄盖灵芝 ：也称为薄树芝、密纹薄灵芝，主要分布于黑龙江、辽宁、云南、广东、海南等地，生于阔叶树木干基部。菌盖较薄，表面有细密的皱纹，颜色多为淡褐色或黄褐色。
铁杉灵芝 ：主要分布于吉林、黑龙江等地，长在枯死的落叶松、铁杉木桩上，能人工栽培。其菌盖呈半圆形或近圆形，质地较硬，颜色多为紫褐色或黑褐色。
橡胶树灵芝 ：主要分布在云南的西双版纳，生于橡胶林地的木桩周围。菌盖呈圆形或半圆形，表面光滑，颜色多为黄褐色或红褐色。
树芝 ：主要产于云南的大姚，生长在混交林地腐木的基部，数量稀少。菌盖呈不规则形状，表面有绒毛，颜色多为褐色或黑褐色。
褐孔灵芝 ：主要分布在云南的西双版纳，长于阔叶林木上，数量稀少，也叫亚元灵芝，菌盖呈圆形或半圆形，表面有明显的同心环纹，颜色多为褐色或黑褐色。
硬皮灵芝 ：主要产在云南的红河、陕西的武功，长在林地或腐木枝上，数目不多。其菌盖较硬，表面有一层硬皮，颜色多为灰褐色或黑褐色。
